关于奇门遁甲的起源，在道教古籍《秘藏通玄变化六阴洞微遁甲真经》、《轩辕本纪》、《神机制敌太白阴经》、《烟波钓叟歌》等多有记载。大致为当年蚩尤作乱，黄帝频战不克，九天玄女授奇门遁甲术于轩辕黄帝，助黄帝以灭蚩尤，以此来推，奇门遁甲至今已有五千余年的历史。它被称为黄老道家最高层次的预测学，号称帝王之学/最高预测学，相传创始人为九天玄女。

“黄帝”可以说是中国历史上第一个用武力统一中原的原始社会领袖。“炎黄子孙”，“三皇五帝”，其中便包含黄帝。黄帝与蚩尤的战争，在司马迁《史记》中即有记载：“诸侯咸归轩辕，一蚩尤作乱，不用帝命，于是黄帝乃征师诸侯，与蚩尤战于涿鹿之野，遂禽杀蚩尤。之后天下有不顺者，黄帝的而征之，平者去之。”